在酿造业中木瓜蛋白酶用于制麦芽坏人用于啤酒、果汁的澄清和防冻，避免某些蛋白质在偏酸条件下沉淀，阻止冷藏过程中冷浊的形成。
木瓜蛋白酶对肉类和鱼类蛋白质水解效果显著，是加工调味剂和水解蛋白首选的蛋白水解酶，以此在肉食工业屠宰前和屠宰后使用木瓜蛋白质均可将肉嫩化。
此外，木瓜蛋白酶可增加豆类食品的蛋白质分解指数和氮溶解指数，从而生产出可溶性蛋白制品及含豆粉的谷类食物和饮料，如脱水豆类、果酱、水果色拉等。
根据以上几种特性，为三只瓜食品发展番木瓜产业，提供了往绿色健康食品添加剂方向发展的可能。
